La Dirección Nacional de Farmacia y Drogas, en la evolución de su rol regulatorio, inició con la creación de la Junta Nacional de Farmacia en 1923, durante la presidencia de Belisario Porras. Esta entidad tenía la responsabilidad de registrar farmacias y farmacéuticos en el país. Posteriormente, en 1941, la Asamblea Nacional de Panamá estableció la Comisión de Especialidades Farmacéuticas, adscrita al Ministerio de Salubridad, con el fin de regular la introducción y venta de medicamentos de patente.

En 1944, se llevó a cabo una reorganización que asignó nuevas responsabilidades a los Inspectores de Farmacias y Drogas, y en 1947 se habilitó el primer registro de especialidades farmacéuticas, con la inscripción del primer producto. En los años siguientes, se aprobaron el Reglamento de Registro y Control de Especialidades Farmacéuticas (1961) y la reorganización del Departamento de Farmacia y Drogas (1963), con el propósito de asegurar el cumplimiento de las normas y fortalecer las condiciones de la industria farmacéutica. Finalmente, en 1969, el Departamento de Farmacia, Drogas y Alimentos fue incorporado a la Dirección General de Salud.

En 2001, se creó la Dirección Nacional de Farmacia y Drogas, con funciones ampliadas, como la expedición, suspensión y renovación de registros sanitarios, vigilancia, inspección y auditoria de establecimientos farmacéuticos y no farmacéuticos, además de la fiscalización de las sustancias psicotrópicas y estupefacientes para fines médicos y científicos. Finalmente, la Ley 419 de 1 de febrero de 2024 establece las disposiciones actuales para regular medicamentos y productos de salud en Panamá manteniendo la Dirección Nacional de Farmacia y Drogas el desempeño del rol regulatorio.

Actualmente, la institución se encuentra en un proceso de reorganización departamental; no obstante, a lo largo de los años se han creado nuevas estructuras de departamentos y secciones que hoy constituyen parte fundamental de su funcionamiento. Entre ellas se incluyen: el Departamento de Registro Sanitario, conformado por tres secciones (Evaluación de Registro Sanitario, Modificaciones y Bioequivalencia); el Departamento de Farmacovigilancia, que incorpora al Centro Nacional de Farmacovigilancia, absorbe al Departamento de Farmacoterapia (que pasa a ser una sección) y crea la Sección de Cosmetovigilancia; el Departamento de Auditorías de Calidad, que cuenta con tres secciones y pasa a denominarse Departamento de Supervisión y Licenciamiento; el Departamento de Sustancias Controladas, estructurado en dos secciones; el Departamento de Importaciones, integrado por la Sección de Evaluación de Importaciones y Liberación de Lotes y la Sección de Control de Calidad; y, finalmente, el Departamento de Monitoreo Regulatorio Farmacéutico, creado con la responsabilidad de la gestión de calidad y la valoración de los indicadores.